有人解释说，孙科宁愿自己拼斗过生活，也不寻求蒋介石的帮助。当时的一家华文媒体曾报道称，“一幢简陋的平房，没有地毯，没有仆人，凡事自己动手，曾经是叱咤风云的人物，而今却能自甘淡泊，然而他的精神生活却非常富足，他的家中，到处都是书籍。”
其实真正了解孙科的人知道，他内心是很凄苦的。不仅生活上拮据，随着年龄的增长，那种“漂泊感”也在与日俱增。
大陆方面则一直惦记着孙科。孙科在香港时，中共方面就曾通过相关人士与他联络，欢迎他回大陆。但孙科对中共及其领导的革命怀有很深的成见和对抗情绪，拒绝了邀请。1956年3月，周恩来总理在北京会见英国客人马坤时，请这位与孙科有数十年私交的人代向他致意。周恩来说，我们不能让孙中山先生的儿子长期流亡国外，中国政府仍然欢迎孙科先生返国。这次，孙科仍表现出一种“倦于政治”的姿态，对周恩来的口信没有作出回应。
到了上世纪60年代，孙科的一些“知心”故旧开始为他回台多方活动。1962年10月，台湾当局“立委”刘崇龄向“行政院”提出质询，要求当局主动邀请孙科返台。“行政院”在请示蒋介石后回复说：“政府非常欢迎哲生(孙科)先生回国。”
1964年，由台湾出资，在美成立了“中华文化教育基金会”，并推举孙科任董事长。此后，孙科与台湾官方机构才重新建起了联系。1965年10月29日，孙科搭机从美返台，在台北松山机场受到蒋经国及2000余人的欢迎，场面之盛令孙科潸然泪下。
按说，曾经担任行政院长等高级职务的孙科，应该得到蒋介石的重用或“补偿”。但事实并非如此。回国后，他先是担任“总统府”高级咨议这一虚职，后才有机会担任一段不长时间的考试院院长。1967年，孙科出任东吴大学董事长，直到1973年9月13日在台北病逝。
孙家第三代的“告别”
与孙科夫妇一同回台湾的，还有他的两个儿子孙治平和孙治强。但他们在台湾的境遇与其父相比，更是“每况愈下”。
兄弟两个都是孙科在美国加州大学留学期间出生的。孙治平出生于1913年11月16日。当时因民国刚创建，百废待举，孙中山殷切期望国治民安、天下太平，就给长孙起名“治平”。1915年1月27日，孙治强出生。孙中山又有感于治国之道要先求平安、再求强盛，所以给次孙起名“治强”。
孙治平和孙治强自幼备受世人关注，他俩虽然没有经历过其父那样艰辛的童年，但却与其父一样，受到中西文化熏陶，学识都很丰富。孙中山逝世后，国民党元老吴稚晖认为北京读书环境好，就在北京创办“海外补习学校”，遴选革命元勋的子女，到那里补习后送到海外读书。孙治平兄弟及蒋经国等都曾在那里读书。开始，兄弟俩听不懂普通话，给学习带来很多困难。好在二人聪慧，学习又用功，很快就克服了语言障碍，适应了学习环境。抗战前，孙治平就读于上海圣约翰大学，孙治强则在南京金陵大学进修。后兄弟俩一起赴美深造，均获美国加州大学政治经济学硕士学位。国民党从大陆逃往台湾后，孙治平兄弟寓居美国。
孙治平返台后，曾任国民党中央委员、“总统府”国策顾问、台湾电视公司副董事长、联合发展企业公司董事长等职。孙治强在台湾一直怀才不遇，得不到重用，仅担任过“中央信托局”及台北故宫博物院顾问等职。
到了晚年，孙治平和孙治强兄弟处境迥异，受到媒体关注。上世纪90年代末，台湾《自立晚报》的一篇报道，以《孙中山之孙要在纪念馆前设摊》为题，披露了孙治强“因经济困难上书李登辉请求改善待遇”的窘况。澳门《新华澳门》报道说，孙治平看到政治前途无望，转向精心理财，已拥有价值不菲的股票，生活过得比较宽裕。1980年，他转往香港定居。
孙治平和孙治强的子女也都先后定居海外。最后孙家人只有孙治强独居台湾。由于经济十分拮据，为了方便治病，孙治强曾长期在台北荣民总医院附近租屋居住。
孙治强在古稀之年曾于1992年和1993年两次回大陆，不仅回故乡翠亨村瞻仰祖父的故居，还游览了北京、上海、武汉、广州等地。2001年夏，孙治强不顾年迈体弱，抱病赴美参加儿子孙国升的大学毕业典礼，不幸于7月4日因心脏病突发撒手异域，享年86岁。至此，台湾再也没有孙中山的后人。
2004年4月，孙治平在香港接受采访时，曾对当政的陈水扁和民进党“去中国化”表示极大的不满与愤慨。他介绍说，1998年，陈水扁在竞选台北市长时，其竞选阵营曾搞过“国父也称赞阿扁做得不错”的宣传活动。
那伙人在一家工厂的外墙上画了一幅漫画，意思是孙中山“称赞”陈水扁竞选一事，还说什么这是“新新人类的幽默”。孙治平说，这严重地玷污了孙中山先生的形象。2000年陈水扁登上台湾“总统”宝座后，更是大搞“去中国化”。孙治平说：“陈水扁主张‘台独’，不承认‘中华民国’，也不承认孙中山，还企图以孙中山骗选票。这是骗人的行为，我不排除对他采取法律行动。”不幸的是，没等孙治平将陈水扁告上法庭，自己就于2005年4月6日在香港病逝，享年92岁。
但历史最终还了孙家一个公道，在孙中山一手创立的国民党再次“执政”台湾之后，“玷污”过孙中山的陈水扁终被关进牢房。
